La familia Borja, era una de las más célebres del reino de Aragón, España. Alcanzó fama mundial cuando Alfonso Borja fue elegido Papa con el nombre de Calixto III. A fines del mismo siglo, hubo otro Papa Borja, Alejandro VI, quien tenía cuatro hijos cuando fue elevado al Pontificado. Para dotar a su hijo Pedro, compró el ducado de Gandía, (en Valencia, España). Pedro, a su vez lo legó a su hijo Juan, quien fue asesinado poco después de su matrimonio. Su hijo, el tercer duque de Gandía, se casó con la hija natural de un hijo de Fernando V de Aragón. De este matrimonio nació el 28 de octubre de1510 Francisco de Borja y Aragón, nuestro santo, quien era nieto de un Papa (Alejandro VI) y de un rey (Fernando) y además, primo del emperador Carlos V.
Una vez que hubo terminado sus estudios, a los dieciocho años, Francisco ingresó en la corte de este último. Por entonces, ocurrió un incidente cuya importancia no había de verse sino más tarde. En Alcalá de Henares, Francisco quedó muy impresionado a la vista de un hombre a quien se conducía a la prisión de la Inquisición: ese hombre era Ignacio de Loyola.
Padre fe familia y Virrey de Cataluña
Se casó a los 19 años con Leonor de Castro y tuvo ocho hijos. Al año siguiente recibió del emperador el título de marqués de Lombay. A los 29 años, Carlos V le nombró virrey de Cataluña (1539-1543), cuya capital es Barcelona. Años después, Francisco solía decir: «Dios me preparó en ese cargo para ser general de la Compañía de Jesús. Ahí aprendí a tomar decisiones importantes, a mediar en las disputas, a considerar las cuestiones desde los dos puntos de vista. Si no hubiese sido virrey, nunca lo hubiese aprendido».
En el ejercicio de su cargo consagraba a la oración todo el tiempo que le dejaban libres los negocios públicos y los asuntos de su familia. Los personajes de la corte comentaban desfavorablemente la frecuencia con que comulgaba, ya que prevalecía entonces la idea, muy diferente de la de los primeros cristianos, de que un laico envuelto en los negocios del mundo cometía un pecado de presunción si recibía con demasiada frecuencia el sacramento del Cuerpo de Cristo. En una palabra, el virrey de Cataluña «veía con otros ojos y oía con otras orejas que antes; hablaba con otra lengua, porque su corazón había cambiado.»
En Barcelona se encontró con San Pedro de Alcántara y con el beato jesuita Pedro Favre. Este último encuentro, veremos después, fue decisivo para Francisco .
Francisco era un modelo de hombre cristiano
En 1543, a la muerte de su padre, heredó el ducado de Gandía. Como el rey Juan de Portugal se negó a aceptarle como principal personaje de la corte de Felipe II, quien iba a contraer matrimonio con su hija, Francisco renunció al virreinato y se retiró con su familia a Gandía. Ello constituyó un duro golpe, para su carrera pública, y desde entonces el duque empezó a preocuparse más de sus asuntos personales.
En efecto, fortificó la ciudad de Gandía para protegerla contra los piratas berberiscos, construyó un convento de dominicos en Lombay y reparó un hospital. Por entonces, el obispo de Cartagena escribió a un amigo suyo: «Durante mi reciente estancia en Gandía pude darme cuenta de que Don Francisco es un modelo de duques y un espejo de caballeros cristianos. Es un hombre humilde y verdaderamente bueno, un hombre de Dios en todo el sentido de la palabra… Educa a sus hijos con un esmero extraordinario y se preocupa mucho por su servidumbre. Nada le agrada tanto como la compañía de los sacerdotes y religiosos…»