Juan nació en Sevilla. Sus padres se llamaban Pedro y Teresa, familia que se distinguía entre la nobleza por su generosidad. Enviaron a Juan a estudiar a Salamanca, donde se convirtió en discípulo de Vitoria y de otros teólogos que brillaban a la vez en Trento. No tenía aún 30 años cuando fue nombrado por el Papa Pio IV Obispo de Badajoz, dedicándose de lleno a la santificación de sus ovejas, enviando misioneros por toda la diócesis.
A la edad de 36 años fue trasladado a la sede de Valencia, donde pronto advirtió las necesidades de esta gran arquidiócesis. Al santo, entre otras cosas, le tocó aplicar las reformas de Trento en su jurisdicción, así como también la catequización de los moriscos pero con pocos frutos, siendo éstos expulsados en 1609 por el rey Felipe III. Frente a esto, San Juan fue nombrado virrey de Valencia; el santo aceptó este cargo a ruegos del rey, y Valencia disfrutó largos años de paz y de mejor administración de la justicia.
San Juan recorrió varias veces la diócesis y entre 1570 y 1610 llevó a cabo 2.715 visitas pastorales, y celebró siete sínodos. Fundó el Colegio de Corpus Christi para la formación del clero y honrar solemne al Santísimo Sacramento.
San Juan de Ribera falleció en enero de 1611.