Siendo muy joven, pidió ser admitido en la Comunidad de los Padres Jesuitas. En los estudios del seminario brilló por su gran inteligencia y por su dedicación total a la preparación para el sacerdocio, y luego de su ordenación, recibió del rey y, de muy altas personalidades, la petición de quedarse en Portugal. Sin embargo, el santo deseando imitar a San Francisco Javier pidió y obtuvo ser enviado como misionero a la India, y con 16 compañeros emprendió el larguísimo viaje por mar.
Desde 1673 hasta 1693, por veinte años estuvo misionando incansablemente en la India. Y fue tanto el entusiasmo con el cual se dedicó a las actividades misioneras que lo nombraron superior de las Misiones de la India.
Logró ganarse la simpatía de todas las clases sociales, y obtuvo notables éxitos espirituales en toda clase de personas. Los sacerdotes paganos de estas tierras eran muy fanáticos y atacaban sin piedad a San Juan y a sus cristianos; muchas veces lo echaron a la cárcel y le hicieron padecer feroces torturas.
El 4 de febrero de 1693 un gran gentío se reunió para ver la ejecución del santo misionero, a quien se le acusaba de enseñar doctrinas que no eran las de los sacerdotes de los dioses de ese país. El gobernador estuvo varias horas demorando la sentencia porque sentía miedo de ordenar semejante crimen. Pero al fin movido por los fanáticos enemigos del cristianismo mandó que le cortaran la cabeza.