Nació en Zaragoza, el 27 de Diciembre del año 1737. Su padre D. Antonio, de la familia de los duques de Monteleón, y su madre Doña María Francisca Moncayo Fernández de Heredia y Blanes. Fue el séptimo de nueve hermanos. Pasa la niñez en Nápoles y su hermana María Francisca es, a la vez que hermana, madre, puesto que perdió la suya cuando tenía José cuatro años.
Se forma entre Zaragoza, Tarragona, Calatayud y Manresa, primero en el colegio de los jesuitas y luego haciendo el noviciado, estudiando filosofía y cursando humanidades. Reside en Zaragoza, ejerciendo el ministerio sacerdotal entre enseñanza y visitas a pobres y encarcelados, todo el tiempo hasta que los jesuitas son expulsados por decreto de Carlos III, en 1767.
Civitacecchia, Córcega, Génova, los veinticuatro años transcurridos en Bolonia (1773-1797) dan testimonio del hombre que les pisó, sabiendo adoptar actitudes de altura humana con los hombres, y de confianza sobrenatural con Dios.
La Orden de San Ignacio ha sido abolida en 1773, sus miembros condenados al destierro y sus bienes confiscados. El último General, Lorenzo Ricci, consume su vida en la prisión del castillo de Sant’ Angelo. Sólo quedan jesuitas con reconocimiento en Prusia y Rusia. Allí tanto Federico como Catalina han soportado las maniobras exteriores y no han publicado los edictos papales, aunque la resistencia de Federico no se prolongará más allá del año 1776. Queda como último reducto la Compañía de Rusia con un reconocimiento verbal primero por parte del Papa Pío VI y oficial después con documento del Papa Pío VII. José de Pignatelli comprende que la restauración legal de la Compañía de Jesús ha de pasar por la adhesión a la Compañía de Rusia. Renueva su profesión religiosa en su capilla privada de Bolonia.
No verá el día en que el Papa Pío VII restaure nuevamente la Compañía de Jesús en toda la Iglesia, el día 7 de Agosto de 1814, pero preparará bien el terreno para que esto sea posible en Roma, en Nápoles, en Sicilia. Formará a nuevos candidatos, reorganizará a antiguos jesuitas españoles e italianos dispersos y buscará nuevas vocaciones que forzosamente han de adherirse, como él mismo, a la Compañía de Rusia. Esta labor la realizará mientras es consejero del duque de Parma, don Fernando de Borbón nieto de Felipe V, y como provincial de Italia por nombramiento del vicario general de Rusia Blanca.
En este esfuerzo colosal, muere en Roma el 15 de Noviembre de 1811, en el alfoz del Coliseo.
Estuvo convencido el santo aragonés de que, si el restablecimiento de su Orden era cosa de Dios, tenía que pasar por el camino de la tribulación, del fracaso, de la humillación, de la cruz, de la vida interior que no se presupone sin humildad, sin confianza.