San Antonio lo señala como a «uno de los Pontífices más grandes y que más sufrieron». Nació en Montemagno, entre Pisa y Lucca. Después de ocupar un cargo en la curia episcopal de Pisa, ingresó en 1135 al monasterio cisterciense de Claraval. Tomó el nombre de Bernardo, y San Bernardo fue su superior en aquel monasterio. Cuando el Papa Inocencio II pidió que algunos cisterciences fuesen a Roma, San Bernardo envió a su homónimo como jefe de la expedición. Los cistercienses se establecieron en el convento de San Anastasio (Tre Fontane).
A la muerte del Papa Lucio II, en 1145, los cardenales eligieron para sucederle a Bernardo, el abad de San Anastasio. El nuevo Pontífice tomó el nombre de Eugenio y fue consagrado en la abadía de Farfa. En enero de 1147, aceptó con gusto la invitación que le hizo Luis VII de que fuese a predicar la cruzada en Francia. En la segunda cruzada no tuvieron buenos resultados. El Papa permaneció en Francia hasta que el clamor popular por el fracaso de la cruzada le hizo imposible permanecer más tiempo en ese lugar. Durante su estancia en aquel país, presidió los sínodos de París, Tréveris y Reims, que se ocuparon principalmente de promover la vida cristiana; también hizo cuanto pudo por reorganizar las escuelas de filosofía y teología. En mayo de 1148 el Pontífice volvió a Italia y excomulgó a Arnoldo de Brescia (quien en sus peores momentos presagiaba a los demagogos doctrinarios de épocas posteriores). San Bernardo dedicó al Sumo Pontífice su tratado ascético «De Consideratione», donde afirmaba que el Papa tenía como principal deber atender a las cosas espirituales y que no debía dejarse distraer demasiado por asuntos que corresponden a otros.
Eugenio III partió de Roma en el verano de 1150 y permaneció dos años y medio en la Campania, procurando obtener el apoyo del emperador Conrado III y de su sucesor, Federico Barbarroja.
El santo murió en Roma el 8 de julio de 1153. Su culto fue aprobado en 1872.